Atlas çalışmasının amacı, bir 50×50 km’lik karede üreyen tüm türleri tespit etmektir. Bunun için süreli çalışma gözlemlerine ek olarak, kare içindeki farklı habitatların ziyaret edilmesi ve 50×50 km’lik kare içinde bulunan bütün türlerin tespit edilmesi hedeflenmiştir. Rastlantısal gözlem olarak da bilinen serbest çalışma, geniş üreme alanları olan yırtıcı kuşlar, sulak alan kuşları, özel habitat tercihi olan kaya kuşları gibi gruplar için çok önemlidir. Ayrıca gece aktif olan türler, serbest çalışmada nadiren de olsa tespit edilir.
Türkiye’de çok az sayıdaki kuş gözlemcisi, her bir alanda hangi türlerin bulunabileceğini tahmin edebilmektedir. Gönüllülerin 50×50 km’lik karede daha etkili olabilmeleri ve çalışmayı eksizsiz bir tür listesiyle tamamlayabilmeleri için, en güncel dağılım haritalarını barındıran Kirwan v.d.’nin (2008) haritaları dijital ortamda analiz edildi. Her bir 50×50 km’lik kare için beklenen türlerin listesi çıkarılarak gözlemcilerle paylaşıldı.
Tüm bunlara rağmen, Kuş Atlasında en az veri toplanan türler, sulak alan kuşları, gece kuşları, yırtıcılar, ağaçkakanlar, orman türleri ve dağ türleri oldu. Yapılan gönüllü toplantılarında ve iletişim kanallarında gönüllüler fazladan çaba gerektiren tür grupları konusunda bilgilendirildi. Diğer yandan, atlas verilerinin analizlerinde bu eksikliklerin dikkate alınması için, her bir karede beklenen türlerin ne kadarının tespit edildiği hesaplanarak veri tabanına işlendi.